No passado, arquéia foram classificados como bactérias e foram chamados archaebacteria. Mas foi descoberto que as arquéias têm uma história evolutiva e bioquímica distintas em comparação com
Até meados do século 20, os biólogos classificavam todos os seres vivos como uma planta ou um animal. Mas esse sistema não conseguiu acomodar fungos, protistas e bactérias. Assim, na década de 1970, o sistema de classificação evoluiu para o que era conhecido como Cinco Reinos - procariontes (bactérias) e eucariotos (plantas, animais, fungos, protistas). Os eucariotos são caracterizados pela presença de núcleos, citoesqueletos e membranas internas em suas células.
No final da década de 1970, Carl Woese e seus colegas da Universidade de Illinois identificaram um grupo de microorganismos cuja composição genética era muito diferente de outras bactérias. Então eles dividiram a vida procariótica no que eles chamavam archaeabacteria e eubactérias. No entanto, mais tarde concluíram que as "archaeabacteria" eram suficientemente diferentes para não serem bactérias. Então os grupos foram renomeados para arquéia e bactérias.
A árvore da vida mostrando a classificação de todos os organismos vivos.As arquéias e eubactérias são semelhantes em forma e tamanho. Ambos são encontrados como varas, cocos, espirais, pratos ou bobinas.
A estrutura celular geral das arquéias e bactérias é a mesma, mas a composição e organização de algumas estruturas diferem nas arquéias. Semelhante às bactérias, as arquéias não possuem membranas interiores, mas ambas têm parede celular e usam flagelos para nadar.
As arquéias diferem no fato de que sua parede celular não contém peptidoglicano e a membrana celular utiliza lipídios ligados ao éter em oposição a lipídios ligados ao éster nas bactérias.
Os flagelos das arquéias evoluíram a partir de bactérias bacterianas tipo IV, enquanto os flagelos bacterianos evoluíram a partir do sistema de secreção tipo III. O flagelo bacteriano é como um caule oco e é montado por subunidades livres para subir o poro central, acrescentando-se à ponta dos flagelos, enquanto na archaea subunidades dos flagelos são adicionadas à base.
Archaea reproduzir assexuadamente pelo processo de fissão binária, brotamento e fragmentação. Eubactérias reproduzem-se assexuadamente por fissão binária, brotamento, fragmentação, mas as eubactérias têm a capacidade única de formar esporos para permanecer inativos por anos, uma característica que não é exibida por Archaea. O crescimento de bactérias segue em três fases, a fase de atraso quando as células se adaptam ao novo ambiente, a fase logarítmica marcando o crescimento exponencial e a fase estacionária quando os nutrientes se esgotam.
Archaea pode sobreviver em ambientes extremos e severos, como fontes termais, lagos salgados, pântanos, oceanos, intestinos de ruminantes e seres humanos. Eubactérias são onipresentes e são encontrados no solo, fontes termais, águas residuais radioativas, crosta terrestre, matéria orgânica, corpos de plantas e animais etc..