Diferença entre SYBR Green e Taqman

Diferença de chave - SYBR Green vs Taqman
 

SYBR Green e Taqman são dois métodos empregados para detectar ou observar o processo de amplificação da PCR em tempo real. O SYBR Green é um método baseado no corante intercalante de coloração de ácido nucleico, enquanto o Taqman é um método baseado na sonda de hidrólise. Ambas as tecnologias são projetadas para gerar fluorescência durante a PCR, o que permite que a máquina de PCR em tempo real monitore a reação em "tempo real". O método SYBR Green é realizado usando um corante fluorescente chamado SYBR green e detecta a amplificação ligando o corante ao DNA de fita dupla produzido. O Taqman é realizado usando sondas de dupla marcação e detecta a amplificação por degradação da sonda pela polimerase Taq e liberações do fluoróforo.. Esta é a principal diferença entre SYBR Green e Taqman.

CONTEÚDO
1. Visão geral e principais diferenças
2. O que é SYBR Green
3. O que é o Taqman
4. Comparação lado a lado - SYBR Green vs Taqman
5. Resumo

O que é SYBR Green?

O SYBR Green é um corante fluorescente usado para colorir ácidos nucleicos, especialmente DNA de fita dupla na Biologia Molecular. O método SYBR Green é usado para quantificar os produtos de PCR durante a PCR em tempo real. Uma vez que se liga ao DNA, o complexo DNA-corante resultante absorve a luz azul e emite intensa luz verde. Isso ocorre devido à mudança estrutural que ocorre na molécula de corante após a ligação com o DNA de fita dupla. Quando a PCR cria cada vez mais DNA, mais moléculas de corante se ligam ao DNA, gerando mais fluorescência. Portanto, a fluorescência aumenta com o acúmulo de produto de PCR. Portanto, a quantidade de produto de PCR pode ser medida quantitativamente pela detecção de fluorescência SYBR Green.

O corante verde SYBR também pode ser usado para marcação de DNA em citometria e microscopia fluorescente. O brometo de etídio foi substituído com sucesso por SYBR Green, uma vez que o brometo de etídio é um corante cancerígeno com problemas de descarte durante a visualização do DNA na eletroforese em gel.

Existem vantagens e desvantagens do método verde SYBR. Este método é muito sensível, barato e fácil de usar. No entanto, devido à sua capacidade de se ligar a qualquer DNA de fita dupla, a ligação inespecífica pode levar à super quantificação do produto de PCR.

Figura 01: Técnica verde SYBR

O que é o Taqman?

O Taqman é um método alternativo ao SYBR Green para monitorar o processo de PCR em tempo real. Este método depende da atividade da exonuclease 5 '- 3' da enzima Taq polimerase para degradar as sondas durante a extensão da nova fita e a liberação do fluoróforo. As sondas de dupla marcação são usadas neste método e são baseadas na hidrólise das sondas. As sondas são oligonucleotídeos de DNA marcados com fluorescência, com uma molécula repórter fluorescente (fluoróforo) na extremidade 5 'e uma molécula inibidora na extremidade 3'. Eles são projetados para se ligarem ao modelo de fita simples no lado oposto dos recozimentos do primer. A polimerase Taq adiciona nucleotídeos ao iniciador e estende a nova fita em direção às sondas de dupla marcação. Depois que a polimerase Taq encontra a sonda, a ação de exonuclease da polimerase Taq ativa e degrada a sonda. Depois de concluir a síntese da nova fita, a sonda é submetida à degradação completa e libera o fluoróforo. A liberação de fluoróforo gera fluorescência. A molécula Quencher fluorescente apaga eficientemente a luz emitida e cria a saída para quantificação do produto de PCR. A liberação de fluoróforos e a quantidade dos produtos de PCR são proporcionais. Portanto, a quantificação pode ser feita facilmente pelo método Taqman.

Figura 02: Método Taqman

O método Taqman é usado em PCR em tempo real, quantificação da expressão gênica, detecção de polimorfismos genéticos, quantificação de deleções cromossômicas de DNA, identificação bacteriana, verificação de análise de microarranjos, genotipagem SNP etc..

Qual é a diferença entre SYBR green e Taqman?

Taqman vs SYBR Green
SYBR Green é baseado em corante de ligação ao DNA.	Taqman depende de sondas de hibridação e atividade de exonuclease 5 'a 3' da polimerase Taq.
Sondas marcadas com fluorescência
Não são necessárias sondas marcadas com fluorescência.	São necessárias sondas de etiqueta dupla.
Análise Genética Multiplex
Não pode ser usado para alvos genéticos multiplex.	Pode ser usado para alvos genéticos multiplex.
Custo
Isso é menos caro.	Isso é mais caro.
Especificidade
Isso é menos específico e se liga a qualquer DNA de fita dupla	Eles são altamente específicos, pois as sondas detectam os produtos de amplificação específicos.
Eficácia
Isso é menos eficaz.	Isso é altamente eficaz.
Inscrição
Isso é usado em PCR em tempo real, visualização em gel de agarose, marcação de DNA etc..	É utilizado em PCR em tempo real, quantificação da expressão gênica, detecção de polimorfismos genéticos, etc..

Resumo - SYBR Green e Taqman

Taqman e SYBR green são dois métodos empregados na PCR em tempo real (PCR quantitativa). Ambos os métodos permitem a quantificação eficiente do produto de PCR e dependem da emissão da fluorescência. O método Taqman usa sondas de dupla marcação para detecção do DNA acumulado, enquanto o método SYBR Green usa um corante fluorescente. Ambos os métodos também têm aplicações diferentes em biologia molecular.

Referência:
1. Tajadini, Mohamad Hasan, Mojtaba Panjehpour e Shaghayegh Haghjooy Javanmard. "Comparação dos métodos SYBR Green e TaqMan na análise quantitativa em tempo real da reação em cadeia da polimerase de quatro subtipos de receptores de adenosina". Pesquisa Biomédica Avançada. Publicações Medknow & Media Pvt Ltd, 2014. Web. 13 Mar. 2017.
2. "Princípios básicos da PCR em tempo real". PCR em tempo real, quantitativo (qPCR), Primers & Mastermix: Primerdesign Ltd. N.p., n.d. Rede. 13 Mar. 2017.
3. "SYBR Green e outros corantes para PCR em tempo real". Biocompare. N.p., 05 abr. 2010. Web. 14 Mar. 2017

Cortesia da imagem:
1. “PCR with SYBR green” Por -Ygonaar 23:09, 7 de março de 2006 (UTC) - É um gráfico criado por Ygonaar com Power point, CC BY-SA 3.0, https://commons.wikimedia.org/w/ index.php? curid = 619528
2. “Taqman” Por usuário: Braindamaged - Obra própria (Domínio Público) via Commons Wikimedia