Diferença entre Random Primers e Oligo dT

o diferença chave entre iniciadores aleatórios e oligo dT é que o iniciador aleatório é uma mistura de todas as sequências oligonucleotídicas hexaméricas possíveis, enquanto o iniciador oligo dT consiste em um trecho de fita simples de 12-18 desoxitimidinas.

A transcrição reversa é um mecanismo no qual o cDNA pode ser sintetizado usando o mRNA ou qualquer espécie de RNA. Para produzir cDNA, a enzima transcriptase reversa e outros componentes necessários devem ser fornecidos, especialmente o modelo e os iniciadores. Os iniciadores são sequências curtas de DNA projetadas especificamente para a amplificação das sequências alvo. Os iniciadores aleatórios e os oligo dT são dois tipos comuns de iniciadores usados ​​na transcrição reversa. Portanto, o iniciador aleatório ou o oligo dT iniciador são sequências curtas de oligonucleotídeos de DNA necessárias para que a transcriptase reversa inicie a transcrição reversa. Dependendo do modelo de RNA, o primer adequado pode ser selecionado dentre esses dois tipos de primers.

CONTEÚDO

1. Visão geral e principais diferenças
2. O que são Iniciadores Aleatórios 
3. O que é o Oligo dT
4. Semelhanças entre os primers aleatórios e o Oligo dT
5. Comparação lado a lado - Primers aleatórios vs Oligo dT em forma de tabela
6. Resumo

O que são Iniciadores Aleatórios?

O iniciador aleatório é uma mistura de oligonucleotídeos representando todas as sequências possíveis de hexâmeros. A sequência de iniciadores do iniciador aleatório é 5 '- d (NNNNNN) -3' N = G, A, T ou C. Portanto, os iniciadores aleatórios podem ser usados ​​para a amplificação de DNA ou RNA de fita simples por DNA polimerase ou transcriptase reversa, respectivamente. Além disso, a mistura de iniciadores aleatórios é capaz de amplificar todas as regiões do RNA para gerar cDNA. Assim, produz vários comprimentos de cDNA.

Figura 01: Iniciadores aleatórios

Mais importante ainda, a mistura de iniciadores aleatórios não mostra especificidade do modelo. É incapaz de distinguir mRNA e outras espécies de RNA. E, recoze com qualquer espécie de RNA na amostra. No entanto, a mistura de iniciadores aleatórios é adequada para a transcrição reversa de RNAs sem caudas poli (A), como rRNA, tRNA, RNAs não codificantes, pequenos RNAs, mRNA procariótico etc., RNA degradado e RNA com estruturas secundárias conhecidas.

O que é o Oligo dT?

O oligo dT primer é um trecho de 12 a 18 desoxitimina (dT). A sequência do iniciador pode ser representada como 5'-d (TTT TTT TTT TTT TTT TTT TTT) -3. É usado para a produção de cDNA a partir de mRNA contendo a cauda de poli (A). Basicamente, atua como um primer para a reação catalisada pela transcriptase reversa. Durante a transcrição reversa, o oligo dT primer emparelha com a cauda poli-adenilada encontrada na extremidade 3 'da maioria dos mRNAs eucarióticos e inicia o processo.

Figura 02: Transcrição reversa usando o Oligo dT Primer

Ao contrário do iniciador aleatório, o oligo dT primer não é adequado para RNA degradado ou RNA que não possui caudas de poli (A), incluindo RNA procariótico e microRNA.

Quais são as semelhanças entre Random Primers e Oligo dT?

• O primer aleatório e o oligo dT primer são dois tipos de primers usados ​​na transcrição reversa e na produção de cDNA.
• O uso do primer aleatório e do oligo dT primer juntos aumenta a sensibilidade da síntese de cDNA.
• São sequências nucleotídicas curtas de fita simples.

Qual é a diferença entre Random Primers e Oligo dT?

O iniciador aleatório é uma sequência oligonucleotídica curta composta por uma sequência aleatória. Enquanto isso, o oligo dT primer é uma cadeia curta composta de 12 a 18 desoxitimidinas. Portanto, essa é a principal diferença entre os primers aleatórios e o oligo dT. A sequência do iniciador aleatório é 5 '- d (NNNNNN) -3' N = G, A, T ou C. Considerando que, a sequência do oligo dT iniciador é 5 '- d (TTT TTT TTT TTT TTT TTT TTT) -3' . Portanto, podemos considerar isso como outra diferença entre primers aleatórios e oligo dT.

Além disso, os iniciadores aleatórios não mostram especificidade do modelo e recozem com qualquer espécie de RNA, enquanto os primers oligo dT mostram especificidade para as caudas poli (A) do mRNA eucariótico.

O infográfico abaixo resume a diferença entre primers aleatórios e oligo dT.

Resumo - Random Primers vs Oligo dT

Iniciador aleatório e iniciador oligo dT são dois tipos de iniciadores utilizados na síntese de cDNA. O iniciador aleatório consiste em uma mistura de oligonucleotídeos, representando todas as sequências possíveis de hexâmeros, enquanto o iniciador oligo dT é uma sequência de fita simples de 12 a 18 desoxitimidinas. Portanto, essa é a principal diferença entre os primers aleatórios e o oligo dT. Além disso, os iniciadores oligo dT são úteis para a transcrição reversa de RNA com cauda poli (A), enquanto os iniciadores aleatórios são úteis para a transcrição reversa da maioria das espécies de RNA, incluindo RNA degradado, RNA que não possui caudas de poli (A) e RNA contendo estruturas secundárias. Portanto, o iniciador aleatório não mostra especificidade do modelo, enquanto o oligo dT iniciador mostra especificidade para o mRNA eucariótico contendo cauda poli (A).

Referência:

1. “Configuração da transcrição reversa: Thermo Fisher Scientific - EUA.” Configuração de Transcrição Reversa | Thermo Fisher Scientific - EUA, disponível aqui.

Cortesia da imagem:

1. “Primers RevComp” Por Zephyris - Trabalho próprio (CC BY-SA 3.0) via Commons Wikimedia
2. “RT PCR Model” Por Lokeshthimmana - Trabalho próprio (CC BY-SA 4.0) via Commons Wikimedia