Protochordata e Euchordata são dois grandes grupos de Phylum Chordata; portanto, antes de aprender a diferença entre Protochordata e Euchordata, primeiro discutamos brevemente Chordata. Os cordados são o grupo de organismos mais avançado e provavelmente o mais conhecido em todo o reino animal, incluindo os humanos. São eucoelomatos deuterostomiais bilaterais. As características mais fundamentais das cordadas incluem a presença de cordão nervoso oco dorsal, notocorda e fendas branquiais da faringe. Esses recursos estão presentes em todos os cordados em qualquer estágio de sua vida. Os outros recursos avançados que ajudam os cordados a dominar sobre outros Phyla são a presença de endosqueleto vivo, respiração eficiente, circulação eficiente e sistema nervoso centralizado. Existem três sub-filos principais encontrados no Phylum Chordata, a saber; Urochordata, Cephalochordata e Vertebrata. Desses três, os dois primeiros subfilos são coletivamente chamados de Protochordata, que incluem acordes inferiores / primitivos. Os vertebrados são classificados como eucordados que incluem acordes mais altos.
Protochordates consiste nos organismos que são categorizados sob Subphyla Urochordata e Cephalochordata. Protochordates são também chamado Acraniata, devido ao falta de cabeça e crânio. Esses organismos são extremamente marinhos e possuem corpos de tamanho pequeno.
Euchordates são acordados mais altos que incluem os animais da Subphyla Vertebrata. Ao contrário dos protocordatos, os eucordados têm cabeça e crânio proeminentes, chamado Craniata. Os subfilos vertebrados são divididos em dois grupos; (uma) Agnatha, que inclui os animais que não têm mandíbulas verdadeiras e apêndices emparelhados e (b) Gnathostomata, que inclui os vertebrados com mandíbulas verdadeiras e apêndices emparelhados.
• Os protocordatos também são chamados Acraniata devido à falta de cabeça e crânio. Euchordates são chamados Craniata devido à presença de cabeça e crânio.
• Os protocordatos são exclusivamente marinhos com corpos pequenos, enquanto os eucordados são encontrados em habitats aquáticos e terrestres e possuem corpos de tamanho grande.
• Euchordates têm cabeça e exoesqueleto bem desenvolvidos com 2 pares de apêndices. No entanto, os protocordados carecem de apêndices e exoesqueleto.
• Protochordates têm celelo enterocoélico, enquanto euchordates têm celelo esquizocoélico.
• Os protocordatos não possuem coluna vertebral, ao contrário dos euucordados.
• Diferentemente dos protocordados, o notocórdio é coberto ou substituído por uma coluna vertebral nos eucordados.
• Os protocordatos têm faringe com fendas branquiais permanentes. As fendas branquiais faríngeas dos eucordatos persistem ou desaparecem.
• Os protocordatos têm menos corações na câmara, mas os eucordados têm corações com câmaras (2 a 4 câmaras).
• Nos protocordatos, os rins contêm protonefridia, enquanto que nos eucordatos, os rins contêm meso- ou metanefridia.
• A reprodução de protocordatos é sexual ou assexuada, enquanto a de eucordatos é sempre sexual.
• Os gonodutos geralmente estão ausentes nos protocordados, enquanto estão sempre presentes nos eucordados.
• Nos eucordados, o desenvolvimento é indireto ou direto, com ou sem estágio larval, enquanto, nos protocordados, o desenvolvimento é indireto com estágio larval de natação livre.
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