Diferença entre o probe e o primer

Diferença de chave - Sonda vs Primer
 

A sonda molecular é um pequeno fragmento de DNA ou RNA que reconhece as seqüências complementares no DNA ou RNA e permite a identificação da sequência alvo. Primer é um pequeno trecho de DNA ou RNA que serve como ponto de partida para a síntese de DNA. Iniciadores e sondas hibridam com os nucleotídeos complementares do DNA modelo ou do DNA alvo. No entanto, a principal diferença entre sonda e primer é que primers são necessários para a replicação do DNA, enquanto sondas são necessárias para a detecção de sequências específicas no DNA da amostra.

CONTEÚDO
1. Visão geral e principais diferenças
2. O que é o probe
3. O que é o Primer
4. Comparação lado a lado - Sonda vs Primer
5. Resumo

O que é uma sonda?

A sonda é um pequeno fragmento de DNA ou RNA usado para detectar o DNA ou RNA alvo na amostra por hibridação molecular. Eles também são conhecidos como marcadores moleculares. O comprimento da sonda pode variar (100 a 1000 bases), e os nucleotídeos da sonda são complementares à parte da sequência alvo. Para facilitar a detecção, as sondas são marcadas com isótopos radioativos ou com corantes fluorescentes ou anticorpos. As sondas se ligam às bases complementares da sequência alvo e revelam a presença do DNA ou RNA alvo na amostra. Existem dois métodos principais de identificação de probes: rotulagem final e tradução de nick. As sondas são categorizadas em diferentes tipos, incluindo sondas de DNA, sondas de RNA, sondas de cDNa e sondas de oligonucleotídeos sintéticos, e são preparadas usando diferentes técnicas.

As sondas são ferramentas importantes em muitas áreas microbianas e moleculares, como virologia, patologia forense, teste de paternidade, impressão digital de DNA, detecção de doenças genéticas, RFLP, citogenética molecular, no local hibridização, etc.

Figura 01: Sonda marcada com fluorescência usada no FISH para detecção de patógenos

O que é um Primer?

Primer é um fragmento curto de DNA ou RNA que serve como um iniciador para a síntese de DNA. A enzima DNA polimerase adiciona nucleotídeos ao grupo 3 'OH da sequência iniciador e sintetiza a nova fita complementar ao DNA modelo. Os primers são fragmentos muito curtos, com comprimento de 18 a 20 nucleotídeos. Eles são quimicamente sintetizados em laboratório para em vitro Amplificação de DNA (PCR). Os primers podem ter qualquer sequência de nucleotídeos, pois são projetados pelo usuário. Eles são sintetizados para combinar com as bases complementares do DNA modelo. Portanto, pode ter qualquer sequência de nucleotídeos. Os primers são de extrema importância para a replicação do DNA, pois a polimerase do DNA não pode sintetizar o novo DNA sem um pedaço de DNA preexistente. Ao projetar os primers para PCR, é necessário considerar o seguinte:

• Os primers devem conter os nucleotídeos complementares à extremidade flanqueadora do DNA que deseja amplificar.
• Os primers devem ter temperatura de fusão entre 55 - 65 ^{0 0}C
• O conteúdo de G e C deve estar entre 50 e 60%.

Dois iniciadores são utilizados na PCR como frente e reverso para replicar ambas as cadeias do DNA da amostra. Primers são comumente usados ​​para realizar seqüências de PCR e DNA.

Figura 02: Recozimento do primer na PCR

Qual é a diferença entre Probe e Primer?

Probe vs Primer
O probe é um pequeno fragmento de DNA / RNA usado para detectar a presença da sequência alvo em uma amostra por hibridação molecular.	Primer é um pequeno trecho de DNA ou RNA que serve como ponto de partida para a replicação do DNA.
Função
Isso detecta a presença de uma sequência específica na amostra de DNA ou RNA.	Isso atua como ponto de partida para a síntese de DNA.
comprimento
O comprimento pode estar na faixa de 100 a 1000 bases	O comprimento é geralmente de 18 a 20 bases
Encadernação com sequência complementar
A sonda hibridiza com as bases complementares da sequência alvo	Primer recoze com as bases complementares das fitas de DNA.
Marcação
As sondas são rotuladas para facilitar a detecção	Primers geralmente não são rotulados
Uso em PCR
As sondas não são usadas na PCR	Primers são usados ​​em PCR

Resumo - Probe vs Primer

A sonda é um pequeno fragmento de sequência de DNA ou RNA que pode ser hibridizado com nucleotídeos complementares para detectar uma sequência alvo na amostra. As sondas são marcadas radioativamente, imunologicamente ou fluorescentemente para ver a presença da sequência alvo. Primer é um fragmento de DNA ou RNA muito pequeno que atua como ponto de partida para em vitro Amplificação de DNA. A polimerase de DNA identifica o iniciador do grupo 3 'OH e inicia a construção de uma nova fita complementar ao modelo. As sondas e iniciadores funcionam de maneira semelhante hibridando com nucleotídeos complementares. Assim, a principal diferença entre sonda e primer é sua função principal.

Referência:
1. "Primer (biologia molecular)." Wikipedia. Fundação Wikimedia, 2 de fevereiro de 2017. Web. 01 Mar. 2017.
2. ”Sonda de hibridação.” Wikipedia. Fundação Wikimedia, 30 de dezembro de 2016. Web. 01 Mar. 2017
3. "Primer (biologia molecular)." Primer (biologia molecular) - Tópicos ScienceDirect. N.p., n.d. Rede. 01 Mar. 2017

Cortesia da imagem:
1. “PEIXES para identificação de patógenos bacterianos” Por Ivan Akira Magnus Manske, Togopic da Pepetps Timothy W. Ford - (CC BY-SA 3.0) via Commons Wikimedia
2. “Primers RevComp Melted2” Por Richard Wheeler (Zephyris) - Trabalho próprio (CC BY-SA 3.0) via Commons Wikimedia