Diferença entre o sequenciamento hierárquico e o genoma completo da espingarda

o diferença chave entre o sequenciamento hierárquico e todo o genoma da espingarda é que no sequenciamento hierárquico de espingarda, o genoma é quebrado em fragmentos maiores antes do sequenciamento, enquanto, no sequenciamento de espingarda de genoma inteiro, o genoma inteiro é quebrado em pequenos fragmentos para sequenciamento.

O seqüenciamento é uma técnica importante nos processos moleculares, especialmente na identificação precisa das espécies. De fato, é a técnica de identificar a ordem precisa dos nucleotídeos em um gene ou genoma. Existem muitas técnicas para sequenciar. Alguns deles incluem o método Maxam Gilbert, o método Sanger e o método automatizado Sanger.

CONTEÚDO

1. Visão geral e principais diferenças
2. O que é o sequenciamento hierárquico de espingarda
3. O que é o seqüenciamento completo da espingarda do genoma
4. Semelhanças entre o sequenciamento hierárquico e o genoma completo da espingarda
5. Comparação lado a lado - sequenciamento hierárquico x espingarda de genoma inteiro, em forma de tabela
6. Resumo

O que é o sequenciamento hierárquico de espingarda?

O sequenciamento hierárquico de espingarda é um método de sequenciamento. É também chamado de 'sequenciamento de cima para baixo'. Além disso, este método consiste em duas etapas: a primeira etapa é a amplificação do genoma e a segunda etapa é a fragmentação do genoma. Nesse método, o genoma é cortado primeiro em grandes fragmentos. É seguida pela clonagem desses fragmentos grandes em vários hospedeiros usando vetores ou cromossomos artificiais. Então, esses vetores recombinantes são organizados em uma biblioteca. Durante o sequenciamento da espingarda, os clones do vetor recombinante sofrem sequenciamento individualmente. Os fragmentos nos clones sofrem digestão de restrição para reduzir ainda mais o tamanho do genoma, passando por sequenciamento.

Figura 01: Seqüenciamento hierárquico de espingarda

Durante o sequenciamento hierárquico de espingarda, os grandes pedaços de fragmentos devem ser organizados em ordem, antes do sequenciamento de espingarda. Ocorre com a ajuda dos marcadores moleculares que são incorporados durante o processo de clonagem.

O sequenciamento hierárquico de espingarda cria um mapa genético de baixa resolução. Mas ele cria um mapa de sequência ordenado. Assim, leva mais tempo que o seqüenciamento direto. Todo o processo atrasa devido à criação de uma biblioteca de vetores recombinantes. É também uma técnica de trabalho intensivo. No entanto, atualmente, a técnica é automatizada para facilitar o trabalho.

O que é o seqüenciamento de espingarda de genoma inteiro?

O sequenciamento de espingarda de genoma inteiro é um processo de sequenciamento de etapa única. Nesse processo, todo o corte do genoma ocorre primeiro. Depois disso, cada um desses pequenos fragmentos sofre sequenciação aleatória. Após a conclusão do seqüenciamento, a análise de sequências ocorre. Durante a análise de sequência, as seqüências sobrepostas são removidas e a análise não é um processo ordenado. Portanto, a montagem de sequências é um processo menos eficiente em comparação com o sequenciamento hierárquico de espingarda. No entanto, o processo de sequenciamento de espingarda de genoma inteiro é mais rápido e a análise de todo o genoma pode ocorrer em uma única instância.

Quais são as semelhanças entre o sequenciamento hierárquico e todo o genoma da espingarda?

• O sequenciamento hierárquico e de espingarda de genoma completo são duas abordagens de sequenciamento.
• Ambos são submetidos a sequenciamento Sanger ou métodos automatizados de sequenciamento Sanger.
• Eles estão envolvidos no sequenciamento de fragmentos de DNA e RNA.
• Além disso, ambos os métodos são importantes para fins de diagnóstico molecular e pesquisa.
• Atualmente, as duas técnicas são automatizadas ou baseadas em computador.
• Ambas as técnicas dependem da fragmentação do genoma.

Qual é a diferença entre o sequenciamento hierárquico e o genoma completo da espingarda?

O sequenciamento hierárquico de espingarda gera fragmentos de tamanho maior em comparação com o seqüenciamento de espingarda de genoma inteiro, que trabalha com pequenos fragmentos de sequências. Portanto, essa é a principal diferença entre o sequenciamento hierárquico e o genoma completo da espingarda. Além disso, o seqüenciamento hierárquico de espingarda consiste em duas etapas principais, enquanto o seqüenciamento de espingarda de todo o genoma se baseia em uma etapa principal.

Além disso, outra diferença entre o sequenciamento de espingarda hierárquico e todo o genoma é que a resolução é mais alta no sequenciamento de espingarda de genoma inteiro em comparação com o sequenciamento hierárquico de espingarda.

O infográfico abaixo resume a diferença entre o sequenciamento hierárquico e todo o genoma da espingarda.

Resumo - Sequenciação hierárquica versus espingarda de genoma inteiro

O sequenciamento hierárquico e de espingarda de genoma completo são duas técnicas para sequenciar genomas grandes. A sequência hierárquica de espingarda é um processo de sequenciamento em duas etapas em que o genoma é dividido em fragmentos maiores. Por outro lado, o seqüenciamento de espingarda de genoma completo é um sequenciamento de etapa única, em que o genoma é quebrado em pequenos fragmentos e diretamente sequenciado. Portanto, essa é a principal diferença entre o sequenciamento hierárquico e o genoma completo da espingarda. Além disso, os aspectos técnicos podem variar entre as duas técnicas.

Referência:

1. Waterston, Robert H, et al. "Sobre o seqüenciamento do genoma humano". Anais da Academia Nacional de Ciências dos Estados Unidos da América, Academia Nacional de Ciências, 19 de março de 2002, disponível aqui.
2. Pal, Shital. "Sequenciamento de genoma." LinkedIn SlideShare, 4 de novembro de 2014, disponível aqui.

Cortesia da imagem:

1. “Seqüenciamento de espingarda de genoma inteiro versus seqüenciamento de espingarda hierárquica” Por Commins, J., Toft, C., Fares, M. A. - “Métodos de biologia computacional e sua aplicação à genômica comparativa de bactérias simbióticas endocelulares de insetos”. Biol. Procedures Online (2009). Acessado via SpringerImages (CC BY-SA 2.5) via Commons Wikimedia