Diferença entre BLAST e FastA

o diferença chave entre BLAST e FastA é que o BLAST é uma ferramenta básica de alinhamento disponível no site do Centro Nacional de Informações sobre Biotecnologia, enquanto o FastA é uma ferramenta de busca por similaridade disponível no site do Instituto Europeu de Bioinformática.

BLAST e FastA são dois softwares amplamente utilizados para comparar seqüências biológicas de DNA, aminoácidos, proteínas e nucleotídeos de diferentes espécies e procurar suas semelhanças. Esses algoritmos foram escritos tendo em mente a velocidade. Porque, quando os cientistas conseguiram isolar o DNA em laboratório em meados da década de 1980, foi necessário comparar e encontrar genes idênticos para pesquisas futuras em alta velocidade. Portanto, esses dois softwares foram desenvolvidos de forma que o usuário possa fazer uma pesquisa rápida de sequências semelhantes às de suas sequências de consulta.

BLAST é um acrônimo para Ferramenta básica de pesquisa de alinhamento local e usa a abordagem localizada na comparação das duas seqüências. FastA é um software que se refere ao Fast A, onde A significa All. Aqui, o software trabalha com alfabetos como Fast A para sequenciamento de DNA e Fast P para proteína. Tanto o BLAST quanto o FastA são muito rápidos na comparação de qualquer banco de dados do genoma e, portanto, são muito viáveis ​​monetariamente e economizam tempo.

CONTEÚDO

1. Visão geral e principais diferenças
2. O que é o BLAST
3. O que é FastA
4. Semelhanças entre BLAST e FastA
5. Comparação lado a lado - BLAST vs FastA em forma de tabela
6. Resumo

O que é o BLAST?

O BLAST é um dos softwares de bioinformática mais utilizados, desenvolvido em 1990. Desde então, está disponível para todos no site da NCBI. Além disso, qualquer pessoa pode acessar este software e usá-lo. Além disso, o BLAST é um software que precisa de dados ou sequências de entrada no formato FastA. Porém, fornece dados de saída em formato de texto sem formatação, HTML ou XML. O BLAST trabalha com o princípio de procurar semelhanças localizadas entre duas sequências e listar as seqüências semelhantes e, depois disso, procura semelhanças de vizinhança.

Figura 01: Resultados do BLAST

Portanto, este software procura um número alto de regiões locais semelhantes e fornece o resultado ao atingir um valor limite. No entanto, esse processo difere do software anterior, que pesquisa a sequência inteira primeiro e depois faz a comparação e, portanto, levou muito tempo.

Além da verificação de similaridade acima, o BLAST tem muitos outros usos, como o mapeamento de DNA, comparando dois genes idênticos em espécies diferentes, criando uma árvore filogenética, etc..

O que é FastA?

FastA é um software de alinhamento de sequência de proteínas. David J. Lipman e William R. Pearson descreveram esse software em 1985. Embora o uso inicial desse software tenha sido apenas para comparar as seqüências de proteínas, a versão modificada dele também foi capaz de comparar as seqüências de DNA. Aqui, este software usa o princípio de encontrar a similaridade entre duas seqüências estatisticamente. Combina uma sequência do DNA ou proteína com outra sequência pelo método de alinhamento de sequência local.

Figura 02: FastA

No entanto, ele procura por regiões locais por similaridade, mas não a melhor correspondência entre duas seqüências. Como esse software compara similaridades localizadas às vezes, ele também pode apresentar incompatibilidades. Em uma sequência, o FastA ocupa uma pequena parte conhecida como k-tuplas, onde as tuplas podem estar de 1 a 6 e coincidem com as k-tuplas da outra sequência. No final do processo de correspondência, quando atinge um valor limite, produz o resultado.

Quais são as semelhanças entre BLAST e FastA?

• BLAST e FastA são ferramentas de bioinformática usadas para comparar seqüências de proteínas e DNA para similaridades.
• Além disso, ambos os programas usam uma estratégia de pontuação para fazer comparações entre as seqüências.
• Além disso, ambas as ferramentas produzem resultados altamente precisos.

Qual é a diferença entre BLAST e FastA?

O BLAST é uma ferramenta para verificar a semelhança entre seqüências biológicas. Por outro lado, FastA é outro programa que facilita a verificação de similaridade de proteínas e seqüências de DNA. No entanto, em comparação com o FastA, o software BLAST é muito popular, pois produz resultados mais precisos e rápidos. Portanto, essa é a diferença entre o BLAST e o FastA. Além disso, diferentemente do FastA, o programa BLAST é modificável de acordo com a necessidade do usuário. Portanto, essa é outra diferença entre BLAST e FastA.

O infográfico abaixo sobre a diferença entre BLAST e FastA fornece mais detalhes.

Resumo - BLAST vs FastA

BLAST e FastA são dois programas que permitem ao usuário comparar sua sequência de consultas com as seqüências nos bancos de dados existentes e verificar as semelhanças. O objetivo inicial do FastA era comparar apenas sequências de proteínas. Porém, a versão modificada deste software facilita as comparações de proteínas e sequências de DNA. Embora o FastA seja um bom software, a maioria das pessoas usa a ferramenta de alinhamento BLAST, pois é mais popular e produz resultados mais precisos e rápidos que o FastA. Além disso, a ferramenta BLAST é modificável de acordo com os requisitos do usuário. Em resumo, isso resume a diferença entre BLAST e FastA.

Referência:

1.Madden, Thomas. "A ferramenta de análise de sequência BLAST." Current Neurology and Neuroscience Reports., Biblioteca Nacional de Medicina dos EUA, 15 de março de 2013. Disponível aqui 

Cortesia da imagem:

1. ”Resultados da explosão CCDC132” Por NCBI Blast - NCBI Blast, (Domínio Público) via Commons Wikimedia  
2. ”Região Promotora FAM149A (formato FASTA)” Por LarsonGCD - Trabalho próprio, (CC BY-SA 3.0) via Commons Wikimedia