Fat32 e NTFS foram criados para acompanhar todos os arquivos em um disco rígido. Fat (File Allocation System) criado por Bill Gates e Marc McDonald, é o mais velho dos dois e passou por muitas mudanças desde sua primeira aparição no ano de 1977. O número indica o número de bits necessários para acompanhar o arquivos. O Fat16 é o padrão há bastante tempo, até que o disco rígido com capacidade superior a 4 GB chegou ao mercado, momento em que o Fat32 foi criado.
Por outro lado, o sistema de arquivos NTFS nasceu do sistema de arquivos HPFS usado pelo OS / 2, uma colaboração da IBM e da microsoft. Quando o acordo não deu certo, alguns dos recursos do HPFS apareceram no NTFS quando apareceram na plataforma Windows NT. Desde então, foi desenvolvido e aparece em uma versão mais recente do Windows, como XP, Vista e o Windows 7., que será lançado em breve. A Microsoft detém a patente do NTFS e, portanto, não está divulgando detalhes sobre o sistema de arquivos que cria apenas unidades NTFS legível para os sistemas Windows por um longo tempo, embora já existam algumas implementações do Linux capazes de acessar unidades NTFS, mas sem seus recursos importantes.
O Fat32 é um sistema muito simplista e livre de cotão, que também é muito documentado. Realmente não faz muita coisa além de acompanhar onde os arquivos estão localizados. É por isso que se tornou o sistema de arquivos preferido para a maioria dos meios de armazenamento portáteis, como pen drives, mp3 players e cartões de memória.
O sistema de arquivos NTFS é exatamente o oposto, oferecendo vários aprimoramentos que não apenas melhoram seu desempenho, mas também sua segurança. Uma delas é a compactação de arquivo transparente que compacta automaticamente o arquivo quando ele está sendo gravado no disco. Isso pode potencialmente liberar espaço em disco, mas os arquivos podem levar algum tempo para carregar. Outro é as cotas de disco, nas quais um administrador do sistema pode especificar quanto do disco um determinado usuário pode usar.
Escolher entre sistemas de arquivos NTFS e FAT32 é uma tarefa relativamente fácil. Simplificando, o NTFS é a melhor opção quando você deseja implantá-lo em um sistema Windows. Não apenas por causa das melhorias de velocidade, mas também por causa de seus vários recursos. No entanto, não é aconselhável para mídia portátil, já que a maioria dos dispositivos e outros sistemas operacionais têm dificuldades ou são totalmente incapazes de acessar unidades NTFS.