Diferença entre RAPD e RFLP

Diferença de chave - RAPD vs RFLP

Marcadores genéticos são usados na Biologia Molecular para identificar variações genéticas entre indivíduos e espécies. DNA polimórfico amplificado aleatório (RAPD) e Polimorfismo do comprimento do fragmento de restrição (RFLP) são dois importantes marcadores moleculares rotineiramente usados em laboratórios. O RAPD é realizado com iniciadores oligonucleotídicos curtos e arbitrários e baseia-se na amplificação aleatória das múltiplas localizações ao longo do DNA modelo do organismo. A RFLP é realizada com uma endonuclease de restrição específica e é baseada no polimorfismo dos fragmentos de restrição resultantes e na hibridação. A principal diferença entre RAPL e RFLP é que RAPD é um tipo de técnica de PCR realizada sem o conhecimento prévio da sequência enquanto que O RFLP não está envolvido na PCR e requer conhecimento prévio da sequência para executar a técnica.

CONTEÚDO
1. Visão geral e principais diferenças
2. O que é o RAPD
3. O que é RFLP
4. Comparação lado a lado - RAPD vs RFLP
5. Resumo

O que é RAPD?

RAPD é um marcador molecular útil em biologia molecular. É uma técnica rápida e fácil. RAPD pode ser definido como um método que resulta em sequências polimórficas de DNA como resultado da amplificação aleatória de múltiplas localizações do modelo de DNA alvo. O RAPD utiliza iniciadores oligonucleotídicos curtos com sequências arbitrárias para a amplificação por PCR. Os iniciadores são sintetizados artificialmente sem o conhecimento prévio da sequência. Por isso, é considerada uma técnica fácil e útil.

Os seguintes passos principais estão envolvidos no RAPD.

Extração do DNA alvo
Amplificação das múltiplas localizações do DNA alvo usando iniciadores escolhidos aleatoriamente
Eletroforese em gel dos produtos de PCR amplificados
Coloração com brometo de etídio e identificação do polimorfismo

Como resultado da variação no recozimento do primer, diferentes fragmentos com diferentes comprimentos são gerados durante a amplificação. Portanto, os padrões de bandas nos géis são diferentes entre indivíduos e espécies. Assim, o RAPD permite a detecção de variação genética entre organismos na identificação e diferenciação.

O RAPD é aplicado em vários estudos de biologia molecular, como identificação da diferença genética entre espécies intimamente relacionadas, mapeamento de genes, impressão digital de DNA, identificação de doenças herdadas, etc..

Figura 01: RAPD

O que é RFLP?

Polimorfismos de Comprimento de Fragmento de Restrição (RFLPs) é um marcador molecular usado em biologia molecular para a identificação de variação genética em seqüências de DNA homólogas. É o primeiro marcador genético desenvolvido para a impressão digital do DNA. Todos os organismos produzem perfis únicos de DNA quando restritos a enzimas de restrição específicas. O RFLP serve como uma ferramenta importante na produção de perfis únicos de DNA de indivíduos e na detecção de variação genética entre eles. Quando as amostras de DNA são digeridas com endonucleases de restrição específicas, produz perfis de DNA diferentes, únicos para cada indivíduo. Portanto, o principal deste método é a detecção de variação genética entre organismos, restringindo o DNA homólogo com enzimas de restrição específicas e a análise do polimorfismo do comprimento do fragmento via eletroforese em gel e transferência. Os padrões de mancha são únicos para cada organismo e caracterizam os genótipos específicos.

As etapas a seguir estão envolvidas com o RFLP.

Isolamento de quantidade suficiente de DNA das amostras
Fragmentação das amostras de DNA com endonucleases de restrição específicas em sequência curta
Separação dos fragmentos resultantes com diferentes comprimentos por eletroforese em gel de agarose.
Transferência do perfil de gel para uma membrana por Southern blotting
Hibridação da membrana com sondas marcadas e análise do polimorfismo do comprimento do fragmento em cada perfil

O RFLP tem várias aplicações, como diagnóstico de doenças de herança, mapeamento de genoma, identificação criminal em estudos forenses, teste de paternidade, etc..

Figura 02: Genotipagem de RFLP

Qual é a diferença entre RAPD e RFLP?

RAPD vs RFLP
RAPD é um marcador molecular baseado em iniciadores aleatórios e PCR.	RFLP é um marcador molecular baseado na produção de diferentes fragmentos de restrição de comprimento.
Amostra Necessária
Pequenas amostras de DNA são suficientes para a análise RAPD.	É necessária uma grande quantidade de amostra de DNA extraída para análise de RFLP.
Tempo
RAPD é um processo rápido.	RFLP é um processo demorado.
Uso do Primer
Primers aleatórios são usados e os mesmos primers podem ser usados para diferentes espécies.	As sondas específicas da espécie são usadas na RFLP para hibridação.
Confiabilidade
A confiabilidade da técnica é menos comparada à RFLP.	RFLP é uma técnica confiável.
Blotting
RAPD envolve manchas no sul.	Southern blotting é uma etapa da RFLP.
Detecção de variação alélica
Variações alélicas não podem ser detectadas pelo RAPD.	Variações alélicas podem ser detectadas por RFLP.
Necessidade de conhecimento de sequência
O RAPD não requer conhecimento prévio da sequência.	É necessário conhecimento prévio da sequência para o projeto da sonda.
PCR
PCR está envolvido com RAPD	PCR não está envolvido com RFLP.
Reprodutibilidade
O RAPD possui baixa reprodutibilidade	O RFLP possui alta reprodutibilidade em comparação com o RAPD.

Resumo - RAPD vs RFLP

RAPD e RFLP são marcadores importantes usados em biologia molecular. Ambos os métodos são capazes de detectar variação genética entre organismos. O RAPD é realizado usando iniciadores aleatórios. A RFLP é realizada usando enzimas de restrição específicas. Ambos os métodos produzem perfis de DNA exclusivos para organismos individuais. O RAPD está envolvido comparativamente poucas etapas que o RFLP. Mas produz resultados menos confiáveis e reproduzíveis que o RFLP. Esta é a principal diferença entre RAPD e RFLP.

Referências:
1. Dos, J. B., J. Nienhuis, P. Skroch, J. Tivang e M. K. Slocum. "Comparação de marcadores genéticos RAPD e RFLP na determinação da similaridade genética entre os genótipos de Brassica oleracea L." TAG. Genética teórica e aplicada. Theoretische und angewandte Genetik. U.S. National Library of Medicine, março de 1994. Web. 12 Abr. 2017
2. Powell, Wayne, Michele Morgante, Chaz Andre, Michael Hanafey, Julie Vogel, Scott Tingey e Antoni Rafalski. “A comparação de RFLP, RAPD, AFLP

Cortesia da imagem:
1. “Genotipagem RFLP” por (desconhecido) - Institutos Nacionais de Saúde (Domínio Público) via Commons Wikimedia

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