Diferença entre QTL e GWAS

o diferença chave entre QTL e GWAS depende do tipo de sequência usada na análise. O QTL usa loci de genes de ligação para analisar características fenotípicas associadas à herança poligênica, enquanto o GWAS usa sequências genômicas inteiras para analisar polimorfismos de nucleotídeo único de uma condição específica.

Mapas QTL e GWAS desempenham um papel importante nas análises genéticas para diferentes características. Além disso, são importantes na análise de várias condições de doença com etiologia desconhecida. Além disso, o seqüenciamento desempenha um papel fundamental nas duas técnicas. Essas técnicas podem ainda ser acopladas a outras técnicas de alto rendimento para maior precisão e precisão.

CONTEÚDO

1. Visão geral e principais diferenças
2. O que é QTL 
3. O que é o GWAS
4. Semelhanças entre QTL e GWAS
5. Comparação lado a lado - QTL vs GWAS em forma de tabela
6. Resumo

O que é QTL?

QTL significa Locus de Traços Quantitativos. É uma região do DNA associada a uma característica fenotípica. Geralmente, um QTL dá origem a efeitos poligênicos. A distribuição de QTLs varia e o número de QTLs sugere o grau de variação de uma característica fenotípica específica. Além disso, eles tipicamente codificam elementos subjacentes a traços contínuos e não discretos.

Após a identificação das regiões QTL, é importante sequenciar uma área QTL específica. Além disso, para facilitar as investigações e pesquisas, o seqüenciamento e o armazenamento dos dados de sequência das regiões QTL comuns ocorrem com o envolvimento da bioinformática. Chamamos essa técnica de mapeamento QTL. Posteriormente, um banco de dados é construído com as sequências da região QTL.

Figura 01: Digitalização QTL

Além disso, as aplicações das sequências QTL dependem principalmente da ferramenta BLAST, onde a similaridade da sequência pode ser determinada. É importante deduzir as relações entre os organismos. Além disso, é importante na determinação da complexidade de um fenótipo poligênico específico. Também determina a evolução de uma característica específica.

Atualmente, a análise QTL é combinada com outras técnicas de alto rendimento, como microarrays de DNA. Isso é importante na análise da expressão do fenótipo. Atualmente, os cientistas estão muito interessados ​​em desenvolver o banco de dados QTL, já que as regiões QTL são responsáveis ​​por muitas características importantes de diferentes espécies..

O que é o GWAS?

GWAS significa Estudo da Associação Ampla do Genoma. Também se refere a estudos de associação de genoma completo. Esses estudos se concentram principalmente em estudos observacionais. Ele analisa as variantes genéticas de diferentes indivíduos geralmente associados a uma característica específica. Além disso, todo o genoma é importante para a análise do GWAS.

Figura 02: GWAS

O GWAS é uma ferramenta importante na análise de polimorfismos de nucleotídeo único associados a várias condições de doença. Este também é um estudo comparativo dos diferentes polimorfismos de nucleotídeo único em uma ampla população. Além disso, a amostra de estudo do GWAS é muito alta; portanto, também assume o formato de um estudo de coorte transversal.

Além disso, o primeiro estudo GWAS foi realizado com relação ao infarto do miocárdio e à análise dos genes associados ao infarto do miocárdio. Atualmente, o GWAS desempenha um papel importante na determinação do histórico genético de doenças complexas com etiologia desconhecida.

Quais são as semelhanças entre QTL e GWAS?

• Eles contam com dados de seqüências de DNA para a análise.
• Ambos estão associados aos antecedentes genéticos de vários personagens.
• Além disso, eles exigem ferramentas de bioinformática para deduzir e interpretar resultados.
• Eles são feitos em grandes populações.

Qual é a diferença entre QTL e GWAS?

O QTL analisa as características fenotípicas associadas à herança poligênica usando locais genéticos vinculados, enquanto o GWAS analisa polimorfismos de nucleotídeo único de uma condição específica usando sequências genômicas inteiras. Portanto, essa é a principal diferença entre QTL e GWAS. O mapeamento de QTL é comparativamente uma técnica menos complexa que o GWAS, pois requer o seqüenciamento completo do genoma.

O infográfico abaixo resume a diferença entre QTL e GWAS na forma de tabela.

Resumo - QTL vs GWAS

O mapeamento de QTL e o GWAS desempenham um papel importante na determinação do histórico genético de várias características fenotípicas. Eles também ajudam na análise do fundo genético de diferentes doenças. O mapeamento de QTL mapeia os genes de ligação responsáveis ​​por características contínuas e também envolve o mapeamento dos genes de herança poligênica. Por outro lado, o GWAS ocorre com todo o genoma analisando polimorfismos de nucleotídeo único. Além disso, isso ocorre em uma população maior. Portanto, este é o resumo da diferença entre QTL e GWAS.

Referência:

1. Liu, Ruixian, et al. “Análise GWAS e identificação QTL de características de qualidade da fibra e componentes de rendimento no algodão de terras altas usando marcadores SNP de alta densidade enriquecidos.” Frontiers in Plant Science, Frontiers Media S.A., 13 de setembro de 2018, disponível aqui.
2. “GWAS vs. Mapeamento Qtl? ” Últimos Posts, Disponível aqui.

Cortesia da imagem:

1. “Exemplo de um QTL-Scan em todo o genoma da PLoS Biology” Por - Styrkarsdottir U, Cazier JB, Kong A, Rolfsson O, Larsen H, et al. (2003) Ligação da osteoporose ao cromossomo 20p12 e associação ao BMP2. PLoS Biol 1 (3): e69 (CC BY 2.5) via Commons Wikimedia
2. “Efeitos do alelo da doença do GWAS” Por Bush WS e Moore JH - Bush WS, Moore JH (2012) Capítulo 11: Estudos de associação em todo o genoma. PLoS Comput Biol 8 (12): e1002822. doi: 10.1371 / journal.pcbi.1002822, (CC BY 2.5) via Commons Wikimedia