Diferença entre Nick Translation e Primer Extension

Diferença de chave - Nick Translation vs Extension Primer
 

A tradução de Nick e a extensão do primer são duas importantes técnicas realizadas na biologia molecular. A principal diferença entre tradução de nick e extensão de primer é que processo de tradução de nick produz sondas rotuladas para outras técnicas de hibridação enquanto O método de extensão do iniciador identifica uma sequência de RNA específica de uma mistura e revela informações sobre a expressão do mRNA. Ambas as técnicas têm grande importância e são rotineiramente realizadas em laboratórios de pesquisa molecular.

CONTEÚDO
1. Visão geral e principais diferenças
2. O que é Nick Translation
3. O que é extensão de primer
4. Comparação lado a lado - Nick Translation vs Extension Primer
5. Resumo

O que é Nick Translation?

A tradução de Nick é uma técnica importante usada para preparar sondas marcadas para várias técnicas biológicas moleculares, como manchas, no local hibridação, fluorescente no local hibridização etc. É um em vitro método de marcação de DNA. As sondas de DNA são usadas para identificar sequências específicas de DNA ou RNA. Com a ajuda de uma sonda marcada, fragmentos específicos podem ser marcados ou visualizados a partir de uma complexa mistura de ácido nucleico. Portanto, sondas marcadas são preparadas usando várias técnicas para serem usadas em diferentes técnicas. A tradução de Nick é um desses métodos que produz sondas marcadas com a ajuda das enzimas DNase 1 e DNA polimerase 1.

O processo de tradução de nick começa com a atividade da enzima DNase 1. A DNase 1 introduz cortes no esqueleto fosfato do DNA de fita dupla, clivando as ligações fosfodiéster entre os nucleotídeos. Uma vez que o nick é criado, o grupo 3 'OH livre do nucleotídeo será produzido e a enzima DNA polimerase 1 atuará sobre ele. A atividade de exonuclease 5 'a 3' da DNA polimerase 1 remove nucleotídeos do entalhe em direção à direção 3 'da cadeia de DNA. Simultaneamente, a atividade polimerase da enzima DNA polimerase 1 funciona e adiciona nucleotídeos para substituir os nucleotídeos removidos. Se os nucleotídeos foram marcados, a substituição ocorrerá pelos nucleotídeos marcados e marcará o DNA para identificação. Este DNA marcado recentemente sintetizado pode ser usado como sondas em várias reações de hibridação em Molecular Biology.

Figura 01: Processo de tradução de Nick

O que é a extensão do Primer?

A extensão do iniciador é uma técnica usada para encontrar uma sequência de RNA específica de uma mistura de RNA e localizar a extremidade 5 'do transcrito de mRNA. Também é usado para estudar a estrutura do RNA e expressão. O método de extensão do iniciador é realizado com iniciadores marcados ou com nucleotídeos marcados. Se forem utilizados iniciadores marcados, exclui a necessidade de marcar os nucleotídeos que são utilizados para a síntese de cDNA. Existem várias etapas nesta técnica. Começa com a extração de RNA da amostra. Em seguida, um iniciador oligonucleotídico marcado é adicionado à mistura juntamente com os ingredientes necessários para sintetizar o cDNA de uma sequência de RNA específica. O primer recoze com a sequência complementar da mistura. Utilizando a sequência recozida com o iniciador como molde, a enzima transcriptase reversa sintetiza o DNA complementar (cDNA) da sequência de RNA. O recozimento do primer e a transcrição reversa ocorrem apenas quando a sequência de RNA específica está presente na amostra. Finalmente, quando é realizada a eletroforese em gel desnaturante, o tamanho da sequência de RNA pode ser determinado. Também é fácil encontrar a base +1 da sequência de mRNA (local de iniciação da transcrição) pelo método de extensão do iniciador. A quantidade de mRNA presente na amostra pode ser quantificada por esse método se o excesso de primer for usado.

Figura 02: Extensão do primer

Qual é a diferença entre Nick Translation e Primer Extension?

Nick Translation vs Extensão do Primer
A tradução de Nick é um processo que cria sondas de DNA marcadas para várias reações de hibridação.	A extensão do primer é uma técnica usada para encontrar RNA específico ou estudar a expressão gênica.
Enzimas usadas
As enzimas DNase 1 e DNA polimerase são usadas.	A enzima transcriptase reversa é usada.
Importância
A tradução de Nick facilita a marcação de sequência de DNA específica.	A extensão do primer permite a detecção do tamanho específico da sequência de mRNA e da quantidade presente na amostra.

Resumo - Nick Translation vs Extensão do Primer

A tradução de nick é um método usado para sintetizar sondas marcadas com base nas atividades da DNase 1 e E coli Enzimas DNA polimerase 1. É um em vitro método empregado nos laboratórios antes de diferentes técnicas de hibridação. Durante a tradução do nick, a atividade da exonuclease 5'-3 'da polimerase de DNA 1 remove os nucleotídeos antes da atividade do nick e a polimerase da DNA polimerase 1 substitui os nucleotídeos removidos pelos nucleotídeos marcados atrás do nick. A extensão do iniciador é um método usado para detectar um transcrito de RNA específico de uma mistura e quantificar o tamanho e a quantidade do RNA de interesse. Essa é a diferença entre a tradução de nick e a extensão do primer.

Referências
1. Reid, Alex. "Nick Translation". Springer. N.p., n.d. Rede. 18 Abr. 2017
2. "Extensão do Primer". Diagnóstico Nacional. N.p., n.d. Rede. 19 Abr. 2017
3. Kuo, M. T. e W. Plunkett. "Nick-translation of chromosomes metaphase: etiquetagem in vitro de regiões hipersensíveis à nuclease nos cromossomos." Anais da Academia Nacional de Ciências dos Estados Unidos da América. U.S. National Library of Medicine, fevereiro de 1985. Web. 19 Abr. 2017
4. Raymond et al. "Ensaio de PCR simples e quantitativo com extensão de primer para monitoramento direto de microRNAs e RNAs de interferência curta." RNA. Copyright 2005 da RNA Society, novembro de 2005. Web. 19 Abr. 2017

Cortesia da imagem:
1. “Primer Extension Assay” Por Jjnmmnjj - Trabalho próprio (CC BY-SA 3.0) via Commons Wikimedia